越狱
迈克尔-斯科菲尔德在完成了最后一幅刺青第二天，持枪抢劫了一家银行。被捕后他非常合作地承认了罪行，法官因此同意了他的要求，判处迈克尔在芝加哥近郊的福克斯河监狱服刑五年。
迈克尔被安排在A楼40号牢房，室友菲尔南多-苏克雷自告奋勇向他介绍监狱的各色人物，但是迈克尔只想见到一个人：被判死刑的哥哥林肯-巴罗斯。但是要接近林肯就必须进入监狱工厂工作，而工厂掌握在昔日的黑帮老大、今日的监狱风云人物约翰-阿布兹的手中。
迈克尔告诉前来探监的律师维罗妮卡别在他的案子上耗费时间，林肯是被诬陷的，他没有谋杀副总统的弟弟，如果她仍念及昔日与林肯的恋情，就应该尽力查明事件真相。远在华盛顿特区，特别探员黑尔和克勒曼对林肯的死刑感到担忧，因为主教迈克莫罗打算替林肯争取缓期执行。
阿布兹接到手下传来的消息，有人知道了令他入狱的证人的下落，而在监狱的医疗室，萨拉医生发觉迈克尔对注射胰岛素的反应非常奇怪，迈克尔立刻要求犯人“便条”替他去弄伪装成I型糖尿病患者所需的药物。
迈克尔如愿进入了监狱工厂并见到了哥哥，林肯认为越狱是根本不可能的事情，迈克尔向他展示了隐藏在纹身中的秘密：福克斯河监狱的设计蓝图。
第二集
迈克尔向狱友暗示逃狱的计划，维斯特莫兰嘲笑他坐牢三天就想越狱，而且另一个危机正在迫近，福克斯河监狱的种族冲突已经一触即发。
迈克尔从手臂的纹身上抄下了“施韦策-艾伦11121147”这串文字，他找到了序列号为11121147的螺丝钉，但是旋下的螺钉被“T－bag”抢走并交给了跟班梅泰格。迈克尔告诉林肯他们将通过医院逃走，这就是他伪装成糖尿病人的原因。
蒂姆-吉尔斯向维罗妮卡出示了谋杀案现场的录像带，维罗妮卡绝望地看到林肯的确曾向车内的死者举枪，但是林肯解释说当时斯迪曼已经死了，他根本没有扣动扳机。而特别探员黑尔和克勒曼从蒂姆那里得知了维罗妮卡正在重新调查这个案子。
监狱暴乱中迈克尔趁机接近梅泰格抢回了螺钉，但是梅泰格在混乱中被刺身亡，“背包”把这一切归罪于迈克尔。迈克尔照着纹身上的图案把螺钉磨成了一把螺丝刀，用它拧开了盥洗设备的螺帽。
凭借药物迈克尔通过了糖尿病的测试，但是他获知自己患有糖尿病时如释重负的表情令萨拉医生疑惑不解。在回牢房的途中，狱警贝里克估计把他留给了阿布兹一伙人。阿布兹为了拷问证人斐波纳契的下落，命人剪掉迈克尔的脚趾。
第三集
Scofield被Abruzzi切去了脚趾，而Lincoln怀疑像Abruzzi和Sucre这样的人是否靠的住。Sucre打电话给女友，得知女有跟别人在一起，非常失望。
T-Bag找来一把带钩的刀子试图找Scofield报仇，而此时Scofield当着Sucre的面把一个手机藏在走廊的壁柜里。
Abruzzi继续受到来自监狱外面的威胁，为了尽快找到证人Abruzzi决定不再硬来，而是替Scofield摆脱T-Bag的攻击。
Veronica约女证人到自己办公室记录口证，但女证人在出去抽烟的间隙被绑架并被谋杀。感到困难重重的Veronica同未婚夫分手。
Lincoln暗示狱警Sucre知道如何找到手机，受到狱警威胁的Sucre并没有出卖Scofield，而失去了被女友探视的机会。Scofield告诉Sucre其实这是一个测试，那个手机是肥皂做的。Sucre拒绝同Scofield等人越狱，因为自己的刑期只有16年。
Sucre搬出了牢房，Scofield有了新狱友Haywire。Haywire有精神问题，自称从不睡觉，因此Scofield用11121147螺钉开门时总会受到Gus的注视。
第四集
Haywire的艺术细胞令他发现了Scofield纹身的秘密，Scofield为摆脱Haywire，自己撞伤了额头。
Sucre的女友担心16月后Sucre依旧无法假释，开始疏远Sucre，为此Sucre同意回到Scofield的牢房协助Scofield越狱。
按照纹身上的化学元素标记，Scofield偷偷从储藏室取到一种试剂，又从Abruzzi处搞到另外一种装到Haywire的牙膏管里。
狱外，Veronica找到专门调查死刑案件的公正计划办公室救助，得到Nick Savrinn的协助。与此同时秘密探员搜查了Veronica的家，并发现Scofield、Lincoln和Veronica的关系，觉得Scofield出现在Lincoln的监狱中不同寻常，决定将Scofield转移到其它监狱。
Scofield利用注射姨岛素的时机将牙膏管里的两种试剂混合导入排水管道，两种试剂发生化学反应开始腐蚀管道，而回到监狱的Scofield由Sucre帮助制造噪声，打通了牢房的墙壁。
第五集
监狱有三个出口，English, Fitz 和Percy。Scofield需要确定越狱后从哪个出口离开才是安全的。在Abruzzi的帮助下，Scofield获得离开典狱管办公室后门的钥匙（复制品）。
典狱管Pope试图阻止Scofield的转狱申请，但探员Hale拿出Pope私生子的证据威胁Pope同意转狱。Scofield从Westmoreland处得知，Westmoreland为了和自己的猫在一起，多次利用疾病报告阻止转狱，而对报告的审核要30天，而Lincoln死刑的日期只有三周。
Scofield在Pope办公室建造宫殿模型，谎称需要用手支撑为干的模型。Pope把Scofield留在办公室，交给警卫和秘书，自己独自回家。到家后Pope得到来自“客人”的威胁，不得不毁掉Scofield的疾病报告。
与此同时，Scofield利用后门的钥匙离开Pope的办公室，从牢房预演了越狱，并故意没在点名时出现在狱中。狱警Bellick认为Scofield越狱，出动警车围捕。潜伏在屋顶的Scofield观察到没有警车的出口：Fitz。
及时回到Pope办公室的Scofield得知自己依然会在一天内被转狱。而狱外Nick和Veronica通过对录像带声音的比较发现Lincoln谋杀的过程是伪造的，但试图取到原始录像时却发现原始拷贝已经被一场“意外”毁坏。
正当Scofield被转出时，典狱长Pope出面阻止狱警，提交了Scofield的病理报告，而自己去向妻子坦白私生子的过失。
第六集
Scofield需要打通地下通道的墙，只有打通了这面墙才能从牢房进入医务室。然而监狱不间断的查房和点名使Scofield没有时间完成自己的工作。Scofield和Sucre决定策划一次戒严，因为只有戒严才能终止点名。
Nick和Veronica发现当初声称目击林肯谋杀的报警电话来自遥远的华盛顿，显然是伪造的证据，Lincoln认为这必然是下一步调查的方向。
Scofield破坏了监狱的冷气系统，整个A区监狱变得闷热，从病房遣回牢房的T-Bag借机开始引发骚乱，戒严如期而至。戒严打断了Veronica和Lincoln的谈话，向来对Lincoln不错的狱警Bob带Lincoln回牢房，不料遇上了引起骚乱的T-Bag。T-Bag打昏Lincoln后劫走了狱警Pope。
在B区，Sara医生正为犯人看病，得知A区骚乱的犯人逐渐失去理智，最终Sara医生被困在诊室进退两难。与此同时，Scofield把从纹身上复制下来的魔鬼图案投影到墙壁上，找出提前计算好的墙壁受里点，和Sucre轮流用大蛋器破坏墙壁。
T-Bag最逐狱警Bob到Scofield的牢房，发现了墙上的洞，正当T-Bag大声声张之时，Abruzzi及时赶来，但狱警Bob也看到了这个秘密，T-Bag建议杀死Bob，被Scofield制止。
苏醒过来的Lincoln急于得到Scofield的消息，被安排谋杀他的犯人带到牢房深处，而Scofield通过监视屏幕发现B区的Sara医生出境危险，再次回到地下通道去营救Sara。
第七集
Scofield在A区监视器看到Sara医生处境危险，不顾一切的从屋顶通风管道前去营救，与此同时Lincoln遭到攻击，发生打斗，对方失足跌下平台身亡。
T-Bag开始恐吓被劫持的狱警Bob，Abruzzi则把Bob作为和外面狱警谈判的筹码，典狱长得知了Sara医生被困消息。
Scofield从屋顶的通风管道救走了Sara医生医生，并自称因参与打扫通风管道卫生而熟悉路线。Frank 州长得知女儿被困，也赶到了监狱，并在见到女儿获救后下令使用武力。
Nick和Veronica来到华盛顿，发现打出“目击”电话的地点是受害人以前工作的办公楼，但Veronica却在路边的公用电话亭接到了威胁电话。
Abruzzi跟Sucre一起打通了墙回到牢房，Lincoln也来到这里寻找Scofield，Scofield、Lincoln和Abruzzi放走了狱警Pope，但T-Bag还是对Bob下了毒手。
Sara医生得知冒死营救自己的Scofield在武力攻击中幸存，非常欣慰，但是同时也发现Scofield并不是因为打扫通风管道卫生而熟悉路线的。
第八集
狱警Bellick为由自己介绍到监狱工作的Bob之死深感内疚，典狱长Pope受权Bellick不惜一切代价找到真凶。Scofield、Abruzzi等人发现要想到达医务室，必须前往已改成狱警休息室的仓库。而唯一可以自由进出休息室的犯人是30年没有案底的Westmoreland。但Scofield无法说服Westmoreland去休息室放火。
Nick和Veronica回到洛杉矶，好心的邻居帮助Veronica搬运行李。在邻居打开房门的瞬间发生了爆炸，邻居当场死亡，而Nick和Veronica为了让幕后主谋认为他们已经被炸死，只好悄悄逃到Nick父亲生前居住的偏远住所。一个自称记者的人前来采访Lincoln，但在交谈的最后这个“记者”警告Lincoln，如果不想自己的儿子Lj有麻烦，就乖乖的认罪等死。与此同时，秘密探员Kellerman和Hale来到LJ的住所，用枪威胁LJ，此时LJ的母亲和继父赶来目睹了这一目。试图逃跑报警的LJ刚刚碰道手机便被Kellerman的手枪制止，在目睹母亲和继父双双被杀后，LJ仓皇逃离，而Kellerman则在为LJ伪造谋杀现场。
Scofield发现唯一能说服Westmoreland帮助自己的就是找到Westmoreland最重要的东西：在骚乱中走丢的猫咪Marilyn。Scofield果然从下水管道中找到了Marilyn，尽管对此非常感激，但Westmoreland依然不远破坏自己良好的服刑记录而失去减刑的机会。Bellick到处搜查Bob丢失的相片和探寻目击者，因为Bob死在Westmoreland牢房门前，Bellick逼迫Westmoreland说出真凶。Westmoreland担心遭到报复，拒绝说出T-Bag，Bellick抚摸着Westmoreland怀中的猫咪缓缓离开了。
Lincoln得知妻子遇害、LJ被陷害的消息急于越狱，而Scofield也为无法到狱警休息室放火而发愁。Westmoreland回到牢房，发现自己猫咪Marilyn被杀害了，愤怒的Westmoreland来到狱警休息室偷偷点燃了一只Bellick抽的香烟。
没过多久休息室冒起了黑烟，而T-Bag成功地陷害了自己的朋友Trokey为自己顶罪。Scofield、Lincoln、Abruzzi、Sucre外加威胁泄密的T-Bag一同到休息室收拾火灾残局，带狱警离开后开始伺机挖开位于警卫休息室下方的排水沟。
LJ拒绝Kellerman让自己听起摆布的要求，并且在Kellerman认为他试图打手机报警时已经拍下了Kellerman的照片。Kellerman和Hale向那个神秘的女人回报行动结果，而神秘女人的身份正是副总统本人。
第九集
Cherry无法忍受T-Bag，在浴室向Scofield求助，但Scofield不想让自己的越狱计划节外生枝，没有理睬Cherry。
Scofield等人继续在狱警休息室凿地面，并把碎石化整为零带到广场上，但这一且被C-Note看到。Abruzzi合伙人的公司破产了，因为没有及时向狱警Bellick“上供”，Abruzzi在监狱中的地位受到威胁。
Lincoln恳求狱警允许自己打电话给Lj，在电话中Lincoln告诉LJ去找Nick和Veronica。与此同时，Veronica联系到副总统哥哥Terrence Steadman的妻子，并得知对方一点也不怀疑Lincoln是冤枉的，因为传言Steadman将因欺诈被起诉，公司股东开始撤资，很多人希望他死去而避免几亿美元的损失。
一批新的犯人被送到监狱，其中包括担心受欺负强装老手的Tweener。Scofield和Sucre议论着回到牢房，正好目睹Cherry用被单自缢的场面。Scofield懊悔不已。Tweener不知到底该加入白人阵营还是黑人阵营，两头受气。而T-Bag已然把Tweener作为自己的下一个目标。狱外Abruzzi的同伙决定找人取代Abruzzi。
Sara医生继续调查Scofield的身份，并发现Scofield入狱前曾接受心理治疗。在与Scofield的心理医生交谈后得知，Scofield患有“低危抑郁症”。低危抑郁症患者平时和普通人无异，但对具体事物可以产生很多联想，大脑在接受外界刺激后会产生更广阔的思维。心理医生告诉Sara，对于Scofield这种高智商的人患有低危抑郁症，意味着Scofield是一个真正的天才（这解释了Scofield为何可以安排如此复杂的越狱计划），此外低危抑郁症还导致Scofield对周围发生的灾难和不幸非常敏感，对别人的困难决不放任不管，考虑别人多于考虑自己。Sara医生联想到自己获救的经历，非常欣慰。
与此同时，T-Bag开始骚扰Tweener，Scofield打伤了T-Bag的腿，警告其不得再碰Tweener。Abruzzi半夜用碎灯泡扎瞎了取代自己的新头目的眼睛，而LJ在和Veronica联系时被追踪，好在Veronica提前识破，给了秘密特工虚假的地址。最终LJ和Nick、Veronica聚到了一起。
Tweener见到T-Bag瘸着腿不敢理睬自己的挑衅，非常得意，而收不到保护费的狱警Bellick把整理休息室的工作交给了新头目带领的犯人。
第十集
为了重新夺打扫狱警休息室的工作，Abruzzi试图说服Scofield交出证人Fibonacci的下落。Scofield跟Lincoln商议这件事，因为Fibonacci只是无意中看到Abruzzi和Philly犯罪，处于正义感去指证他们。Scofield和Lincoln不愿为了自己的生命而牺牲一个无辜人的生命。
在包扎脚趾伤口时Scofield得知Sara医生过29岁生日，并因为至今为婚而心情沮丧，而且每次过生日都丢掉枯萎得花朵。
副总统得知秘密探员Kellerman和Hale隐瞒了Lj、Nick及Veronica逃脱的真相，派了名叫Quinn的助手。Quinn表面祥和，实际上心狠手辣，刚一见面就掰折了Kellerman的手指，Kellerman愤怒的去威胁正参与总统竞选的副总统。
Scofield告诉Abruzzi自己愿意交出证人Fibonacci，条件是当面告诉Philly。Abruzzi约来Philly，并用Veronica的照片警告Scofield实话实说。Scofield告诉Philly，自己通过给县警官通电话，找到无法接听的警官，就等于找到保护Fibonacci的警官，随后再通过偷看警官同家人的通信记录得知证人的地址：加拿大安大略湖桑德海湾汉密尔顿街345号。
Quinn装作保险公司人员找到并杀害了Veronica前未婚夫，随后用他的电脑在网上锁定了Veronica的住所。
Philly及其手下来到加拿大，准备干掉Fibonacci全家，正当他们试图持枪闯入汉密尔顿街345号时，蹲守多时的警察一拥而上将Philly团伙逮个正着。原来Scofield早已通过纹身上记下的电话号码，联系狱外人报警在加拿大蹲守Philly，而Fibonacci一家则在堪萨斯州的托皮卡(Topeka)平静的生活。得知Philly因为持枪械而被叛终身监禁，Abruzzi为自己的演技得意，但他已然不肯放过送自己进监狱的证人Fibonacci，从Scofield手里拿走了Veronica的照片，并告诉Scofield自己在Philly被捕前重新获得领导权，可以继续打扫休息室。
Scofield利用注射姨岛素的机会送给Sara医生一枚不会枯萎的折纸玫瑰，而C-Note终于发现了地板下的秘密，于是要挟加入打扫休息室的工作，参与越狱。与此同时，Nick和Veronica发现了EcoField公司的资金去向：副总统的巨额竞选资金正是问题的答案。